《飞翔的魔女》故事围绕着魔女展开。少女羽鸟智世是一名魔女，她离开故乡来到东京的青梅竹马家借住。在这个现代社会中，智世依旧保持着魔女的生活方式，她会骑着扫帚在天空飞翔，还会使用魔法做一些日常琐事。她的到来给这个普通的家庭和周围的邻里带来了许多新奇的事情。周围的人虽然对她的一些行为感到惊讶，但也逐渐习惯并接纳了这个有点不一样的少女。在这个过程中，智世结识了许多朋友，通过与他们的相处，逐渐融入了现代生活，同时也让大家对魔女这个充满神秘色彩的身份有了新的认识。这部作品通过一个个温馨有趣的日常故事，展现了一个魔女在现代社会的奇妙生活与成长历程。
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