《马达加斯加3》讲述了斑马马蒂、狮子亚历克斯、长颈鹿迈尔曼和河马格洛丽亚等动物主角们，为了回到纽约中央公园动物园，踏上了一段横跨欧洲的冒险之旅。在旅途中，他们遇到了一群马戏团动物，包括闪电臭鼬、美洲豹斯蒂芬妮等。起初，这群城市动物与马戏团的动物们相处并不愉快，但是在一次次躲避动物管制官杜波依斯追捕的过程中，大家逐渐团结起来。动物们凭借各自的技能，在马戏团中表演出一场场惊险又搞笑的节目，吸引了众多观众。而杜波依斯则像个执着的猎犬，始终紧追不舍。最终，在一场盛大的表演之后，动物们成功摆脱了杜波依斯，并且在纽约中央公园举行了属于自己的盛大欢迎会，他们也在这个过程中明白了家的真正含义，找到了属于自己的归属。
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