《邻座的怪同学》围绕水谷雫和吉田春展开。水谷雫是个只关心学习的女孩，她遵照老师的安排，给因伤人事件半年没上学的吉田春送讲义。初次见面，雫对这个声称自己曾杀过人的春感到害怕，但在接触过程中，她逐渐发现春其实单纯又善良，只是不懂得与人相处。春被雫身上认真努力的劲儿所吸引，迅速喜欢上了雫。在与春的相处过程中，雫原本单一枯燥的生活变得丰富多彩起来。她开始慢慢打开心扉，结交朋友，体验到了许多以前从未有过的情感和经历。而春也在雫的影响下，逐渐融入校园生活，学会如何与他人正常交往。两人在相互陪伴中，感情不断升温，共同经历了校园里的各种趣事和困难，最终走到了一起，收获了美好的爱情。
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