《元气少女缘结神》主要讲述了女主角奈奈生的奇幻故事。奈奈生本是一个普通的女高中生，因父亲欠债离家出走，流落街头。偶然机会下，她帮助了被土地神赶出来的落魄神明御影，御影为了报答她，将土地神的职位让给了奈奈生。从此，奈奈生开始了她作为土地神的生活。在神社里，她结识了狐妖巴卫，巴卫一开始对奈奈生充满了不屑和敌意，但在相处过程中，逐渐被奈奈生的善良和坚强所打动，两人之间产生了微妙的感情。在守护土地和解决各种妖怪事件的过程中，奈奈生不断成长。她不仅要面对各种心怀不轨的妖怪的挑战，还要处理与其他神明之间的关系。同时，奈奈生和巴卫的感情也经历了重重考验，过去篇揭示了巴卫的一段悲伤往事。尽管困难重重，但奈奈生始终坚守着作为土地神的职责，与巴卫等人一起守护着这片土地，他们的故事充满了温馨、浪漫与奇幻色彩。
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